In stedelijk gebieden waar geen ruimte voor berging op het maaiveld beschikbaar is, kunnen de mogelijkheden voor waterberging in de bodem onderzocht worden. Voorwaarde hiervoor is in ieder geval dat de bodem er geschikt voor is. Bij deze vorm van waterberging wordt in natte perioden water in de watervoerende laag in de bodem ingebracht dat daar tijdens droogte weer uit onttrokken kan worden Arnold, 2011. In het Westland wordt deze techniek door tuinders toegepast.
Deze maatregel is kostbaar. Vanaf een diepte van 100 meter moet hij getoetst worden aan de mijnbouwwet. De maatregel is vergunning plichtig en moet door het waterschap gecontroleerd worden.
Zie ook de website van Stichting Waterbuffer.